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Utilisation de la librairie SSJ: Stochastic Simulation in Java.
by Benjamin POUSSIN 23 Feb '07

23 Feb '07

Bonjour, Pour le projet Isis-fish (http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/) sous licence GPL développé pour l'IFREMER (http://www.ifremer.fr) nous avons besoins d'une librairie de calcul tel que SSJ: Stochastic Simulation in Java. Nous aimerions savoir s'il est possible d'utiliser la librairie ssj librement dans notre contexte. J'aurais aussi quelques questions: - pourquoi ne pas mettre SSJ sous licence GPL et donc utilisable librement tant que l'on développe sous cette licence, et pour un développement propriétaire obligation de vous contacter pour discuter d'une autre licence (vous êtes propriétaire du copyright) - Il y a deux librairies native 'ssjutil' et 'randvar', pour quelles raisons ne pas écrire ces librairies en Java ? Le problème est qu'on ne peut pas utiliser les librairies sur d'autre plateforme que linux x86 ou windows. - Puis-je récupérer les sources du projet ? mon idée étant de faire une petit couche d'abstraction et une implantation Java des librairies natives. Si les librairies natives sont trouvées, elles seront utilisées, sinon l'implantation Java est utilisée. d'avance merci pour vos répponses. -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Faire fonctionner ISIS en batch
by Stephanie MAHEVAS 22 Feb '07

22 Feb '07

Bonjour Benjamin je souhaiterais pouvoir faire tourner ISIS depuis R et exploiter les exports des simulations. Par exemple Etat initial : ISIS est paramétré pour une pêcherie - on souhaite simuler la pêcherie sur 10 ans avec ce parametrage et faire evoluer le paramétrage (avec la fonction updateParam qui modifie les valeurs d'un ou plusieurs paramètres de la pêcherie) en fonction d'une analyse des sorties de la simulation (realisée avec la fonction analysesExport qui évalue un critère). simu=1 Critere=analysesExport(chemin[simu]) Tant que Critere > epsilon simu=simu+1 ISIS(updateParam[simu]) Critere=analysesExport(chemin[simu]) Est-ce possible? comment faire? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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passage html vers R
by Stephanie MAHEVAS 09 Feb '07

09 Feb '07

serait-il possible d'avoir la version pdf de l'url http://lutinj2r.labs.libre-entreprise.org/etude.html merci stephanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 3.0.7
by Benjamin POUSSIN 05 Feb '07

05 Feb '07

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3/isis-fish-3.0.… Cette nouvelle version fonctionne avec la version 6 du jdk que l'on peut recuperer sur le site de sun: http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp * correction bug de synchronisation cvs des scripts (update) * ajout du menu import region and rename -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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base TECTAC2
by Francois.Bastardie＠ifremer.fr 25 Jan '07

25 Jan '07

Bonjour Benjamin, Je voudrais supprimer des metiers dans la base ci-jointe mais cela ne marche pas (+ exactement: cela marche 2 ou 3 fois puis un messge d'erreur apparait et persiste). ce sont les metiers labellés Nord ou Sud. D'autre part la simulation échoue... Te serait-il possible de résoudre ces problèmes concernant cette region? Merci -- -------------------------------------------------------- François Bastardie French Research Institute for the Development of the Sea (IFREMER) Ecologie et Modèles pour l'Halieutique Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 44311 NANTES Cedex 03 - France Tél : 02 40 37 41 64 Fax : 02 40 37 40 75 E-mail : francois.bastardie(a)ifremer.fr

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V3 pb suppression de region
by Stephanie MAHEVAS 15 Jan '07

15 Jan '07

Salut Je n'arrive pas a supprimer localement une region dans l'interface de saisie (Error during xpath evaluation of isOnRemote ($RegionStorage)) ceci m'empeche de recharger une nouvelle version de la base GolfeDeGascogne pour evaluer le temps de simulation sur 10 ans sans egle- Si tu as cette info ans un tiroir je suis preneuse. stephanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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format exports
by Stephanie MAHEVAS 12 Jan '07

12 Jan '07

Bonjour je te renvoie les formats pour etre sur que l'on est sur la meme longueur d'onde. Format des tables d'export (avec entete): 1/ metiers.csv : # cette table a autant de lignes que de NomMetier*PasDeTemps NomMetier;NomZoneMetier;PasDeTemps 2/ZonesDefinition.csv # cette table a autant de lignes que NbMailles par NomZone*PasDeTemps #remarque : toutes les zones définies statiquement et dynamiquement # doivent etre renseignees NomZone NomMaille PasDeTemps 3/MaillesDefinition.csv # cette table a autant de lignes que de mailles dans la region NomMaille PositionMaille 3/RegionDefinition.csv #cette table a ne seule ligne NomRegion LatituteMin LatitudeMax LongitudeMin LongitudeMax PasLatitude PasLongitude a+ stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 3.0.2
by Benjamin POUSSIN 11 Jan '07

11 Jan '07

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3/isis-fish-3.0.… * correction des scripts de lancement * ajout du support pour l'import de isis-fish v2 (menu fichier de la fenetre de saisie) * Deplacement des Rules pour qu'ils ne soient pas attachés a une region * amelioration de la fenetre d'edition des equations (doc) J'ai aussi migrer les bases que l'on m'avait envoye (sauf celle de magali, car la region porte le meme non que l'appli TecTac et donc ca pose probleme) http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/database/ (si vous ne souhaitez pas qu'elle soit en acces public, vous me le dites et je les efface) J'ai modifier les equations, mais je manque un peu de courage pour lancer une simulation sur chaque pecherie pour voir si elles sont bonnes :(. Si vraiment vous insistez je le fais demain. Si vous souhaitez migrer une base vous meme voici la procedure: - dans isis v2 sauver la base en XML (eviter de sauver les simulations, ca gagne de la place) - lancer isis 3.0.2 - ouvrez la fenetre de saisie - menu->Fichier->Import region from v2 - selectionnez votre fichier xml - la migration se fait toutes seul et certaine partie de script sont modifier - une interface de modification apparait pour chaque equation qui n'a pas pu etre migré automatiquement, il faut modifier l'equation pour que ca deviennent du Java valide pour le corps d'une methode. (Il faut absolument un 'return <quelque chose>' a la fin. Les deux pages interessantes dans la doc sont (simplement les interfaces): - http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/enti… - http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/equa… bonne nuit -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Probleme dans GraviteCPUE
by Benjamin POUSSIN 08 Dec '06

08 Dec '06

Salut, Je pense qu'il y a un petit probleme dans le CPUE pour commencer juste une remarque, sur le commentaire suivant """ // Il faut etre au moins au deuxieme pas de temps. return p.date.getAnnee() > 0; """ pour moi un pas de temps est 1 mois et non pas une annee, donc j'espere que le commentaire est faux, sinon c le code :( Ensuite l'erreur: Dans le constructeur on a ca """ var allStr = SiMatrice.getListStrategies(); for(var i=0; i<allStr.size(); i++){ var str=allStr.get(i); var metiers=str.getSetOfVessels().getMetiers(); var ListeStrMonthInfos=str.getStrategyMonthInfos(); for (var j=0; j<ListeStrMonthInfos.size();j++){ var somme=0; var StrMonthInfo=ListeStrMonthInfos.get(j); for (var k=0;k<metiers.size();k++){ var metier=metiers.get(k); somme+=StrMonthInfo.getProportionMetier(metier); } this.p.SommePropInitial.put(new Chaine(str.getName()+"-"+metier.getNom()+"-"+StrMonthInfo.getMonth().getNumMois()),somme); } } """ la cle de SommePropInitial est donc str + metier + month or lorsqu'on l'utilise ensuite, on prend comme cle str + month donc il ne risque pas de retrouver ce qui avait ete calculé :( """ if (p.SommeCPUEstrat.get(new Chaine(str.getName()))>0){ newPropDiv = (p.SommePropInitial.get(new Chaine(str.getName()+"-"+strMonthInfo.getMonth().getNumMois()))-p.SommeProp.get(new Chaine(str.getName())))*CPUE/ p.SommeCPUEstrat.get(new Chaine(str.getName())); writeln("newpropdiv: "+newPropDiv); strMonthInfo.setProportionMetier(p.metier, new Packages.java.lang.Float(newPropDiv)); } """ Dans mon implantation j'ai pris comme cle str + month qui me parrait plus coherent. Donc le for dans le constructeur, sert dans mon interpretation a sommer toutes les proportions de tous les metiers pour un mois et une strategie donné et de conserver cette somme. Est-ce correct ? -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Script] Probleme dans Regle_action_lib.affecterCaptureRejetSurvie
by Benjamin POUSSIN 06 Dec '06

06 Dec '06

Salut, Je pense que c plutot Hilaire qui pourra repondre, dans Regle_action_lib.affecterCaptureRejetSurvie, utilise dans la regle TACpoidsSurvieRejet.actionApres Je pense qu'il y a un petit probleme. var matRejetBis= MatrixFactory.create(suivi.getCapture()); //on réajoute les survivants aux effectifs for (var iiterateur=matRejetBis.iterator();iiterateur.next();){ var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates(); eff.setValue(coordonnees[2],coordonnees[3],eff.getValue(coordonnees[2],coordonnees[3])+iiterateur.getValue()*proportion); } vu ce qui est fait dans la boucle, je ne vois pas trop comment ca peut marcher. Pour moi les matrices on seulement 2 dimensions [zone x group] donc les [2] et [3] je ne vois pas on ca peut aller :(. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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