- Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.14
by Benjamin POUSSIN 21 Oct '05

21 Oct '05

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * Correction probleme passage de matrice de changement d'age de non spacialise a spacialise -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.13
by Benjamin POUSSIN 20 Oct '05

20 Oct '05

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * Correction probleme de dimension pour les pop en longueur dans la matrice de changement d'age -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Fwd: Re: FW: Call for Contractors for GBIF Data Portal: Java Developers and Data Administrator]
by Dominique PELLETIER 20 Oct '05

20 Oct '05

Des postes pour les developpeurs en Java Pour info DOminique -------- Message d'origine -------- Sujet: Re: FW: Call for Contractors for GBIF Data Portal: Java Developers and Data Administrator Date: Thu, 1 Sep 2005 22:57:08 +1200 De: "Dr Mark J. Costello" <m.costello(a)AUCKLAND.AC.NZ> Répondre-A: Marine Research Information NEtwork on biodiversity <MARINE-B(a)listserv.heanet.ie> A: MARINE-B(a)listserv.heanet.ie Références: <008301c5aee3$0e69c870$710ca8c0@LEIGHLEASE27> > > -----Original Message----- > > From: hsaarenmaa(a)gbif.org [mailto:hsaarenmaa@gbif.org] > > Sent: Thursday, September 01, 2005 8:24 PM > > To: All users > > Cc: hsaarenmaa(a)gbif.org > > Subject: Call for Contractors for GBIF Data Portal: Java > > Developers and Data Administrator > > > > > > Calls for Contractors for International Biodiversity Data > > Portal: Java Developers and Data Administrator > > > > Background > > ---------- > > > > The Global Biodiversity Information Facility (GBIF, > > http://www.gbif.org/) is an international organisation with a > > secretariat based in Copenhagen, Denmark. Its mission is to enable > > free and open international web-based exchange of data relating to ´ > > all living organisms (plants, animals, micro-organisms), in > > particular information on their biological classification and their > > geographic occurrence. > > > > GBIF brings together an international network of institutions and > > organisations which have set up web services with standard > > interfaces to share biodiversity data. The network includes a > > centrally-operated portal (http://www.gbif.net/) to assist users in > > discovering and selecting data from the network. This portal > > currently exists as a prototype and now needs to be redeveloped to > > provide a robust access point for biodiversity data (both XML web > > services and a browser interface). Further information can be > > found at the following links: > > > > http://circa.gbif.net/Public/irc/gbif/dadi/library?l=/architecture/ > > http://wiki.gbif.org/dadiwiki/wikka.php > > > > GBIF is seeking experienced Java developers and a data manager to > > work on this portal. These will be contract positions and will be > > based at the GBIF Secretariat in Copenhagen. All contractors will > > be expected to work in English. > > > > Call for Java Developers > > ------------------------ > > > > GBIF requires experienced Java web developers to work in Copenhagen > > through at least to the end of 2006. > > > > Applicants must be experienced in the following technologies: > > > > * Java (at least 3 years' development experience) > > * XML (including XML Schema, XSLT, XPath) > > * Apache Tomcat > > > > Applicants should ideally also be familiar with the following > > technologies: > > > > * MySQL and/or PostgreSQL > > * Hibernate > > * JavaServer Faces and/or Struts > > * Log4J > > * Ant > > * Python > > > > Prior experience with the following technologies will be an > > advantage: > > > > * Data standards from the Taxonomic Databases Working Group (TDWG, > > http://www.tdwg.org/) in particular: > > - Darwin Core > > - ABCD Schema > > - Taxon Concept Schema > > ´ * Data exchange protocols from TDWG: > > - DiGIR > > - BioCASe > > - TAPIR > > * GML Web Feature Service > > * BioMOBY > > * XQuery > > > > Understanding of the principles of taxonomy and of biological > > collection management will be a significant advantage. > > > > Call for Data Administrator > > --------------------------- > > > > GBIF requires a Data Administrator to work in Copenhagen through at > > least to the end of 2006. The Data Administrator will provide > > helpdesk support to assist data providers in the following areas: > > > > * Configuration and use of standard software packages to share > > biodiversity data > > * Diagnosis of problems in mapping biodiversity data into XML > > formats > > * Use of controlled vocabularies for biodiversity data elements > > * Handling of taxonomic names > > > > The GBIF Data Portal includes a database which serves as an index > > to the biodiversity data records shared by participants in the GBIF > > network. The Data Administrator will also be responsible for > > administrative tasks relating to this database. > > > > Training will be provided in the use of tools for diagnosis of > > problems with biodiversity data and in the administration of the > > index database. > > > > Applicants must exhibit understanding of the principles of taxonomy > > and of biological collection management, and also of web-based data > > exchange using XML web services. > > > > Applicants must be able to demonstrate experience in some or all of > > the following technologies: > > > > * Data standards from the Taxonomic Databases Working Group (TDWG, > > http://www.tdwg.org/) in particular: > > - Darwin Core > > - ABCD Schema > > - Taxon Concept Schema > > * Data exchange protocols from TDWG: > > - DiGIR > > - BioCASe > > - TAPIR > > * XML (including XML Schema, XPath) > > * MySQL and/or PostgreSQL > > > > How to apply > > ------------ > > > > Interested applicants should send the following by e-mail to Donald > > Hobern, GBIF Programme Officer for Data Access and Database > > Interoperability (dhobern(a)gbif.org) > > > > * Curriculum vitae > > * Indication of the position to which the application relates > > * Description of how you fulfill the requirements for the position > > * Description of the strengths you can bring to the project > > * Confirmation of availibility to work in Denmark > > * Indication of when you would be available to start work in > > Copenhagen > > * Expected remuneration > > > > The closing date for applications is 30 September 2005. > > > > Interviews will take place early in October. > > > > > > > > -- > > Hannu Saarenmaa > > Deputy Director for Informatics > > Global Biodiversity Information Facility - GBIF Secretariat > > Universitetsparken 15, DK-2100 Copenhagen > > Tel +45-35321479 Fax +45-35321480 GSM +45-28751479 > > hsaarenmaa(a)gbif.org http://www.gbif.org/ > > > > > ------------------------------------------------- This mail sent through University of Auckland http://www.auckland.ac.nz/ -- Dominique Pelletier Laboratoire MAERHA IFREMER BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 FRANCE E-mail: dpellet(a)ifremer.fr Tel: 33 2 40374164 Fax: 33 2 40374075 http://www.ifremer.fr/maerha/

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simulations - tests
by Stephanie MAHEVAS 04 Oct '05

04 Oct '05

Bonjour comme promis j'ai lance plusieurs simulations tests pendant le we. Resultats des courses pas tres encourageants... ---1--- .bat : ShiftOne size = 800000 Optimization =LRU et LFU (false) pecherie : ttes strategies + gravite CPUE sur 2 ans : plante --> erreurgraviteCPUE.txt ---2--- .bat : ShiftOne size = 800000 Optimization =LRU et LFU (false) pecherie : ttes strategies + gravite LPUE sur 2 ans : plante avec une matriceCatchperStrategy = NaN --> erreurgraviteLPUE.txt ---3--- .bat : ShiftOne size = 500000 Optimization =LRU et LFU (false) pecherie : ttes strategies + sans gravite sur 10 ans : plante --> erreur10ans.txt en attache le zip avec les 3 fichiers d'erreurs. Etape suivante, MERCI DE FAIRE vite stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/MAERHA Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 (Mathématiques Appliquées à l'Evaluation des Ressources Halieutiques et Aquacoles) rue de l'île d'Yeu BP 21105 44311 NANTES Cedex 03 http://www.ifremer.fr/maerha o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[Isis-fish-user] [annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.9
by Benjamin POUSSIN 19 Sep '05

19 Sep '05

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * ajout de 3 caches different pour l'optimisation des caculs les caches sont selectionnable au lancement d'isis * ajout de la possibilité de faire les boucles Str/Met que sur les metiers de la strategie dans SiMatrice. Cette fontion est selectionnable au lancement d'isis Explication =========== Pour selectionner un des 3 caches il faut passer les options suivantes a la JVM (ce veux dire juste derriere java) -DOptimizationCache=[SimpleLRU[=<valeur>]|ShiftOne|Soft] Il est possible dans les calcules de ne pas faire les boucles sur tous les metiers, mais seulement sur les metiers, utilisés par la strategie au mois de calcul avec l'option suivante. ATTENTION, les simulations donneront n'importe quoi si vous utilisé l'option et qu'une regle de gestion ajoute des metiers a une strategie durant la simulation. -Dfr.ifremer.simulation.SiMatrice2.loopOverAllMetier=<false|true> Je ne suis pas du tout sur que les resultats avec cette option a false, soit vraiment convenable, donc il vaut mieux faire des tests de vérification avant de vraiment l'utiliser. Toutes ces modifications ont ete faite sans test, mais cela peut ameliorer ou non les simulations aucune idee. Si on ne met pas d'option cela revient a la ligne suivante: java -DOptimizationCache=Soft -Dfr.ifremer.simulation.SiMatrice2.loopOverAllMetier=true -Xmx512M -jar ifremer-simulation-all.jar dans ce cas, des que la JVM n'a plus de memoire elle supprimer les données calculé du cache (tres peu de risque de OutOfMemory) mais les simulations devrait etre beaucoup plus longue. exemple d'utilisation: - java -DOptimizationCache=SimpleLRU -Xmx512M -jar ifremer-simulation-all.jar Ici on utilise un cache LRU (Least Recently Used) avec par defaut 50000 au maximum dans le cache - java -DOptimizationCache=SimpleLRU=1000000 -Xmx512M -jar ifremer-simulation-all.jar la meme chose avec 1000000 de calcul mis en cache - java -DOptimizationCache=ShiftOne -Xmx512M -jar ifremer-simulation-all.jar ici on utilise le cache ShiftOne, qui se parametre par un fichier de configuration par defaut il utilise celui trouvé dans le jar. Il est possible d'en utiliser un autre pour cela il suffit de mettre un fichier partant le nom isisCache.properties dans le repertoire de lancement du simulateur. Par defaut il utilise un cache LRU et LFU avec 100000 objet au maximum. Mais il y a plein d'autre facon de configurer ce cache En gros il y a beaucoup de test a faire qui prenne beaucoup de temps (que je n'ai pas :(. Pour aider je peux dire qu'une simulation de test (1 strategie, 1 pop). Calcul environs 50000 données par ans. Je pense que ce doit-etre a peu pres lineaire avec les strategie/metier/population Il faut regler le nombre d'objet dans les caches pour qu'il aille avec la memoire alouée. donc si on met -Xmx64M il faut mettre une plus petite valeur que pour -Xmx1024M ps: pour les personnes qui trouve que relancer le simulateur pour tester telle ou telle chose est penible, il doit etre possible d'utiliser les script de pre simulation pour modifier le cache selectionné. (Mais je pense qu'il ne faut mieux pas lancer 2 simulations en meme temps avec 2 caches different. Donc dans le prescript: Packages.java.lang.System.setProperties("<option>", "<valeur>"); donc par exemple Packages.java.lang.System.setProperties("OptimizationCache", "SimpleLRU=1000000"); ou Packages.java.lang.System.setProperties("OptimizationCache", "ShiftOne"); ou Packages.java.lang.System.setProperties("OptimizationCache", "Soft"); ou Packages.java.lang.System.setProperties("fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.loopOverAllMetier", "false"); ou Packages.java.lang.System.setProperties("fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.loopOverAllMetier", "true"); bien sur je n'ai pas testé cette facon de faire :) -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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regle de gestion + export
by Hilaire DROUINEAU 16 Sep '05

16 Sep '05

Bonjour, dans le zip que j'envoie sont présents toutes les mesures de gestion récemment codées pour la version 2.07. De plus, des méthodes d'exportation des résultats sont intégrées (le format de sortie permet l'utilisation automatique de script S+, et bientôt R, d'analyse de données écrits par Stéphanie). Tous les détails sont dans le Readme Tous les tests n'ont pas été fait, donc il est possible voir même probable qu'il reste quelques buggs, alors méfiance pour les premières utilisations. Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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question pour Benjamin
by Hilaire DROUINEAU 15 Sep '05

15 Sep '05

Salut, juste une petite question: dans les règles de gestion (par exemple), si on veut tester que l'engin d'un métier (p.metier) est égal à un engin interdit (p.engin), on utilise la méthode: p.metier.getEngin().equals(p.engin) (apparamant p.metier.getEngin()==p.engin ne marche pas) Or dans l'API la méthode equals() n'est pas citée pour les objets engin, ni pour les DBObject. Est ce que cette méthode s'utilise pour d'autres objets? Si non, peut-on alors faire == pour les autres? Merci du renseignement et bonne journée Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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Re: Problème export Résultat
by Benjamin POUSSIN 15 Sep '05

15 Sep '05

On Tue, 13 Sep 2005 18:03:16 +0200 Hilaire DROUINEAU <Hilaire.Drouineau(a)ifremer.fr> wrote: > Salut, > pour faire les exports de resultat dans la version 1, on avait besoin > des packages suivants: > > var Info = Packages.fr.ifremer.simulation.Info; > var MatND = Packages.net.cogitec.math.matrice.MatriceNDImpl; > var Hashtab = Packages.java.util.Hashtable; > var Resultat = Packages.fr.ifremer.simulation.Resultat; > > var simulation = SimulationFactory.findBy__id__(idSimul); > var resultats = Resultat.xmlToVector(simulation.getResultat()); > > Je ne retrouve pas les équivalants dans la version 2.07 pour les > packages Info et Resultat. Je ne peux donc pas convertir le Stringbuffer > xml renvoyé par simulation.getResultat() en vector (qui doit je suppose > être un vecteur de ResultManager) par la méthode Resultat.xmlToVector(). > Pour le package Info, je pense qu'on doit pouvoir s'en passer en les > récupérant les infodim directement sur les matrices, cela dit j'en suis > pas tout à fait sûr. > Voilà, si tu peux me dire où je peux trouver tout ça. Merci d'avance En faite, lors de l'appel de la methode d'export tu as deja la representation objet des resultats La signature d'une methode d'export doit etre: nom_de_la_methode(String idSimulation, Simulation sim, ResultatManager2 resultats) Donc tu as deja la simulation et les resultat en objet. sinon il faudrait faire ca: var sim = SimuationFactory.findBy__id__(id); var resultats = Pacakges.fr.ifremer.xml.XMLEncoderDecoder.getInstance(db).decode(sim.getResultat()); Ensuite, les fr.ifremer.simulation.Resultat ont disparu, car ils ne servent plus. Les matrices resultats portant directement les semantiques. Donc dans resultats (ResultatManager2) tu as les methodes pour récupérer les noms des resultats disponible. Et les methodes pour récupérer les résultats. public TreeSet getResultName(); public MatrixND getMatrix(Date date, Population pop, String name); public MatrixND getMatrix(String name) voir: http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/api/isis-fish/version2/fr/ifreme… -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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pb simulation echouee
by Xavier de La Bernardie 13 Sep '05

13 Sep '05

Bonsoir Benjamin j'ai essaye de lancer une simulation avec toutes les strategies et elle a echoue. Le message d'erreur semblant porter sur la memoire, j'ai relance une simulation avec 4 strategies (benthiques sur 1 an toujours avec la meme base Golfe de Gascogne du 13 09), c'est passe. J'en ai rajoute 4 autres (Hake...) et la ca a a nouveau plante. Je te mets en attache le log simplifie. Peux-tu me dire si le probleme est solvable pour demain? stephanie

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Re: [Isis-fish-devel] erreur en simu
by Stephanie MAHEVAS 13 Sep '05

13 Sep '05

rebonjour Resume de la discussion d'hier au telephone, pour le pb de la vitesse de simulation : deja observe pour les simulation de Marie, Benjamin reverra tout ca une fois la nouvelle structure du simulateur finalisee pour ne pas refaire 2 fois la meme chose (quelques ameliorations ont deja ete faites pour accelerer les simulations de Marie). pour le pb du temps de route: explication tres probable, la zone de peche est trop etendue et de ce fait le temps moyen de route trop grand. J'ai donc divisee la zone en 2 pour redefinir un metier nord et un metier sud pour les cotiers. Cependant le temps de route dans le fichier erreur.txt pour chaque methier - port - type de navires est encore anormal: Simu benthique GV intermediaire (zone reduite Nord) : 24.52 (calcul a la main et a la louche autour de 6 heures) Simu benthique GV large (zone large) : 22.79 Simu benthique LS intermedaire (zone reduite Sud) : 27.24 Simu benthique LS large (zone Large) :24.29 stephanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/MAERHA Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 (Mathématiques Appliquées à l'Evaluation des Ressources Halieutiques et Aquacoles) rue de l'île d'Yeu BP 21105 44311 NANTES Cedex 03 http://www.ifremer.fr/maerha o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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