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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.26
by Arnaud Thimel 24 Feb '06

24 Feb '06

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * correction d'optimisation pour EffortPerStrMet * support des \n pour les traductions Cordialement, -- Arnaud Thimel Société Code Lutin - http://www.codelutin.com

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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.23
by Benjamin POUSSIN 25 Jan '06

25 Jan '06

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * ajout de chaine a traduire (normalement celle du bug #714 (http://labs.libre-entreprise.org/tracker/index.php?func=detail&aid=714&grou…) * ajout du jar client R dans le all on peut utiliser R sans avoir besoin de modifier le classpath. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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pb sauvegarde base avec V23
by Stephanie MAHEVAS 24 Jan '06

24 Jan '06

Bonjour je n'arrive pas a sauegarder proprement la base de données Merlu-Langoustine GG saisie avec la version 2. d'ISIS. J'ai un message d'erreur de type JAVA HEAD SPACE (cf fichier joint). Pourtant j'ai de la place sur mon disque... Ce qui m'inquiete le plus c'est que des sauvegardes j'en ai fait plusieurs avant Decembre 2005 et apparemment elles ont toutes un probleme ! Benjamin, peux-tu me solutionner ce probleme? stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... 19 janv. 2006 09:53:26 org.codelutin.math.matrix.MatrixFactory <clinit> INFO: Converter XML pour MatrixND ajoute 19 janv. 2006 09:53:26 org.codelutin.math.matrix.MatrixFactory <clinit> INFO: librairie topia non presente. Import/Export JDBC impossible Demarrage de l'application... 2.0.23 Variable d'environnement: {java.runtime.name=Java(TM) 2 Runtime Environment, Standard Edition, sun.boot.library.path=C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\bin, java.vm.version=1.5.0_03-b07, java.vm.vendor=Sun Microsystems Inc., java.vendor.url=http://java.sun.com/, path.separator=;, java.vm.name=Java HotSpot(TM) Client VM, file.encoding.pkg=sun.io, user.country=FR, sun.os.patch.level=Service Pack 2, java.vm.specification.name=Java Virtual Machine Specification, user.dir=I:\logiciel\ISIS-Fish\Isis-fish-2.0.23, java.runtime.version=1.5.0_03-b07, java.awt.graphicsenv=sun.awt.Win32GraphicsEnvironment, java.endorsed.dirs=C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\lib\endorsed, os.arch=x86, java.io.tmpdir=C:\DOCUME~1\smahevas\LOCALS~1\Temp\, line.separator= , java.vm.specification.vendor=Sun Microsystems Inc., user.variant=, os.name=Windows XP, sun.jnu.encoding=Cp1252, java.library.path=C:\WINDOWS\system32;.;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\Program Files\Fichiers communs\Adaptec Shared\System, java.specification.name=Java Platform API Specification, java.class.version=49.0, sun.management.compiler=HotSpot Client Compiler, fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.loopOverAllMetier=false, os.version=5.1, OptimizationCache=ShiftOne, user.home=C:\Documents and Settings\smahevas, user.timezone=Europe/Paris, java.awt.printerjob=sun.awt.windows.WPrinterJob, file.encoding=Cp1252, java.specification.version=1.5, java.class.path=ifremer-simulateur-all-2.0.23.jar, user.name=smahevas, java.vm.specification.version=1.0, java.home=C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03, sun.arch.data.model=32, user.language=fr, java.specification.vendor=Sun Microsystems Inc., awt.toolkit=sun.awt.windows.WToolkit, java.vm.info=mixed mode, java.version=1.5.0_03, java.ext.dirs=C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\lib\ext, sun.boot.class.path=C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\lib\rt.jar;C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\lib\i18n.jar;C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\lib\sunrsasign.jar;C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\lib\jsse.jar;C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\lib\jce.jar;C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\lib\charsets.jar;C:\Program Files\Java\jre1.5.0_03\classes, java.vendor=Sun Microsystems Inc., file.separator=\, java.vendor.url.bug=http://java.sun.com/cgi-bin/bugreport.cgi, sun.io.unicode.encoding=UnicodeLittle, sun.cpu.endian=little, sun.desktop=windows, sun.cpu.isalist=pentium_pro+mmx pentium_pro pentium+mmx pentium i486 i386 i86} Option de lancement: [] Fichier de config: C:\Documents and Settings\smahevas\.isis-config-2 19 janv. 2006 09:53:28 org.codelutin.i18n.Language <init> INFO: Langue file URL:jar:file:/I:/logiciel/ISIS-Fish/Isis-fish-2.0.23/ifremer-simulateur-all-2.0.23.jar!/language-fr_FR.properties Opening conglomerate. Version 1.4 found. Version of data files is current. -- Convert Successful -- Base de donnees: ok DBManager database exist ? true org.codelutin.resources.ResourceNotFoundException: La resource sql_mckoi.filter n'a pas été trouvée org.codelutin.resources.ResourceNotFoundException: La resource sql.filter n'a pas été trouvée OpenMap(tm) Version 4.5.4 Copyright (C) BBNT Solutions LLC. All rights reserved. See http://openmap.bbn.com/ for details. Exception in thread "AWT-EventQueue-0" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

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ecrire des scripts 'regle de gestion' (II)
by Francois.Bastardie＠ifremer.fr 05 Jan '06

05 Jan '06

re-Bonjour, sur le même sujet je viens également de m'apercevoir qu'il y a un petit "bug" dans la saisie des données dans le tableau de paramètres des mesures de gestion. Isis ne prend pas en compte pour la simulation les valeurs que je saisis dans ce tableau avant de la lancer...cela entraine alors un message d'erreur plutôt enigmatique tel que : Runtime error No default value for 0 and hint 4 detected at line 343 of function 'CantonnementFLR_condition' in string starting with: 'function Cantonnement(param){'... visiblement il faut selectionner une case autre que celle qui a été remplie par la valeur avant de lancer la simulation...dans ce cas ça marche. J'indique cela toujours dans l'idée que les suivants ne perdent pas trop de temps à trouver ce qui ne va pas. A+ -- -------------------------------------------------------- François Bastardie French Research Institute for the Development of the Sea (IFREMER) Ecologie et Modèles pour l'Halieutique Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 44311 NANTES Cedex 03 - France Tél : 02 40 37 41 64 Fax : 02 40 37 40 75 E-mail : francois.bastardie(a)ifremer.fr

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ecrire des scripts 'regle de gestion'
by Francois.Bastardie＠ifremer.fr 04 Jan '06

04 Jan '06

Bonjour, Pendant que j'y suis, je voulais juste souligner qq problèmes qui nuisent un peu à l'écriture des scripts de regles de gestion sous Isis (interface RegleGestionEdit). En effet je viens de m'apercevoir que lancer une simulation signifie par défaut: > checker TOUS les scripts de gestion (cela se fait dans simulateurES.initRegle()?) existants MEME S'IL NE SONT PAS SELECTIONNES dans la fenetre "simulation launcher" Il faudrait peut-être l'indiquer dans la doc car j'ai pas mal cherché pour savoir ce qui clochait (j'avais volontairement écrit des betises dans un script pour plus tard mais ça ne me génait pas parce que je ne l'avais pas selectionné, je croyais !) ou alors cela pourrait peut-être être interdit puisque logiquement les scripts non selectionné n'ont pas à intervenir dans la simulation (mais a ce que j'ai compris toutes les méthodes constructeurs de tous les scripts sont appelées à chaque simulation?) > il n'y a pas d'evaluation pour verifier la syntaxe dans l'éditeur des 'regles de gestion' (comme il existe pour l'éditeur des scripts 'code source') ce serait plus pratique que de devoir lancer une simulation et regarder dans le fichier log. D'autant plus que l'integralité du code de tous les scripts apparait dans le fichier log en cas de faute de syntaxe. C'est donc très laborieux de s'y retrouver, non? Y'a t-il une autre façon de travailler ? J'indique ces points pour les personnes suivantes qui pourront rencontrer les mêmes problèmes lors de l'écriture de scripts. A+ -- -------------------------------------------------------- François Bastardie French Research Institute for the Development of the Sea (IFREMER) Ecologie et Modèles pour l'Halieutique Rue de l'Ile d'Yeu BP 21105 44311 NANTES Cedex 03 - France Tél : 02 40 37 41 64 Fax : 02 40 37 40 75 E-mail : francois.bastardie(a)ifremer.fr

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Re: [ Utilisation de R dans les scripts]
by Benjamin POUSSIN 21 Dec '05

21 Dec '05

On Wed, 07 Dec 2005 12:06:39 +0100 Francois.Bastardie(a)ifremer.fr wrote: > Salut Benjamin, > > Je te remercie pour cette solution qui correspond à première vue tout à > fait à nos besoins pour l'interfaçage entre Isis et R. Cependant, on a > essayé d'installer Rserve sous Windows en suivant les consignes du site > web...et ça marche pas. Le problème c'est que il nous manque visiblement > un fichier Rserv.cfg pour lancer le serveur. As tu essayé de ton coté? > Travailles tu exclusivement sous linux? Est-ce que ça marche mieux avec > linux? Je n'utilise que Linux et ca fonctionne tres bien, j'ai meme fait fonctionné l'exemple que j'ai envoyer. > D'autre part, quand tu dis que la prochaine version de Isis integrera > les bibliothèque de Rserve, tu penses à la version 3.0.0? Sera t-il > toujours nécessaire d'installer Rserve indépendamment d'Isis? En clair > dois-je me préoccuper d'installer Rserve ou bien attendre que cela soit > intégré dans Isis (si c'est possible)? Il n'y aura que la librairie Java qui sera integrer a la prochaine release Isis (des la 2.0.25), ce qui permettra de ne pas s'embeter avec le classpath. Mais tu devras toujours installer rserve par toi meme sur R ps: par pitier pas de mail en prive pour des points techniques comme ceux la, plutot utiliser les listes de discussion devel ou user qui sont faites pour ca :(. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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GPL et Limite de garantie
by Benjamin POUSSIN 14 Dec '05

14 Dec '05

Bonjour, Voici ce que l'on peut trouver dans la licence GPL. Est-ce suffisant ? LIMITATION DE GARANTIE # Article 11. Parce que l'utilisation de ce Programme est libre et gratuite, aucune garantie n'est fournie, comme le permet la loi. Sauf mention écrite, les détenteurs du copyright et/ou les tiers fournissent le Programme en l'état, sans aucune sorte de garantie explicite ou implicite, y compris les garanties de commercialisation ou d'adaptation dans un but particulier. Vous assumez tous les risques quant à la qualité et aux effets du Programme. Si le Programme est défectueux, Vous assumez le coût de tous les services, corrections ou réparations nécessaires. # Article 12. Sauf lorsqu'explicitement prévu par la Loi ou accepté par écrit, ni le détenteur des droits, ni quiconque autorisé à modifier et/ou redistribuer le Programme comme il est permis ci-dessus ne pourra être tenu pour responsable de tout dommage direct, indirect, secondaire ou accessoire (pertes financières dues au manque à gagner, à l'interruption d'activités ou à la perte de données, etc., découlant de l'utilisation du Programme ou de l'impossibilité d'utiliser celui-ci). en anglais NO WARRANTY 11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU. SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION. 12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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installation 'Rserve'
by Francois.Bastardie＠ifremer.fr 08 Dec '05

08 Dec '05

Benjamin, L'installation de Rserve sous linux échoue avec notre configuration. Pourrais tu nous dire s'il te plait où notre installation ne serait pas en conformité avec ce qui est requis pour Rserve? Voilà les numeros de versions sur notre serveur et les messages d'erreurs que nous obtenons avec Olivier: Version de gcc : 3.4.2 20041017 (Red Hat 3.4.2-6.fc3) version de R : 2.2.0 Linux : Fedora Core 3 ------------------------------- Quand on demande à R d'installer le package ------------------------------- [root@nanny src]# R CMD INSTALL Rserve_0.3-17.tar.gz ... ... ... config.status: creating src/Makefile config.status: creating src/client/Makefile config.status: creating src/config.h ** libs gcc -g -O2 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib64 Rserv.c -o Rserve -DDAEMON -O -I/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/include -Iinclude -I. -lR -L/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/bin -L/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/lib -ldl -lcrypt Rserv.c: In function `storeSEXP': Rserv.c:418: attention : transtypage d'un pointeur vers un entier de taille différente /usr/bin/ld: ne peut trouver -lR collect2: ld a retourné 1 code d'état d'exécution make: *** [Rserve] Erreur 1 ERROR: compilation failed for package 'Rserve' ------------------------------- Quand on décompresse le fichier et qu'on lance un make dans $R_HOME/bin/Rserve/src (après avoir fait un ./configure (qui s'est bien passé) dans le répertoire précédent. ------------------------------- [root@nanny src]# make cc Rserv.c -o Rserve -DDAEMON -O -I/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/include -Iinclude -I. -lR -L/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/bin -L/export/home/logiciels/R/R-2.2.0/lib -ldl -lcrypt Rserv.c: In function `storeSEXP': Rserv.c:418: attention : transtypage d'un pointeur vers un entier de taille différente /usr/bin/ld: ne peut trouver -lR collect2: ld a retourné 1 code d'état d'exécution make: *** [Rserve] Erreur 1

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diagramme de classe pour la nouvelle version
by Benjamin POUSSIN 08 Dec '05

08 Dec '05

Bonjour, Voici le diagramme de classe, j'ai remis tous les objets qui existait avant et integre ceux qui doivent apparaitre. Je vous l'envoie pour critique et ajout. Il y a surement quelque cardinalite manquante. Ce qu'il faut surtout regarder ce sont les liens manquant et les attributs manquant. Il y a un melange d'anglais et de francais, car les anciennes classes sont toutes en francais, et les nouvelles ou les modification en anglais, il faudrait tout mettre en anglais, mais je prefere que vous me donniez vos traductions. -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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calcul de catch rate per strategy met
by Hilaire DROUINEAU 05 Dec '05

05 Dec '05

alut Benjemin, Avec le script dont on a parlé vendredi, la matrice catchrateperStartegyMet est plus dans le cache, par contre on l'a toujours dans le resultatdbmanager, tu peux peut etre la récupérer comme ça. Par contre, les tests à faire pour vérifier qu'elle est encore valable risque d'être coton... Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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