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Utilisation de R dans les scripts
by Benjamin POUSSIN 02 Dec '05

02 Dec '05

Salut, Voici une facon simple d'utiliser R dans les scripts. La librairie R sera incluse dans la prochaine version d'isis. Donc pour l'instant il faut la telecharger tout seul :). Il faut deja installer RServe pour que l'on est un serveur R qui attende les demandes. Pour cela installer RServe en suivant les indications du site: http://stats.math.uni-augsburg.de/Rserve/index.shtml Cote R ====== Sous Linux il suffit d'avoir R d'installer de telecharger le fichier suivant: http://stats.math.uni-augsburg.de/Rserve/dist/Rserve_0.3-17.tar.gz de se mettre en root et de faire: R CMD INSTALL Rserve_0.3-17.tar.gz Ensuite pour lancer le server R: R CMD Rserve Puis pour le cote Java ====================== Telecharger le jar pour la partie java: http://stats.math.uni-augsburg.de/Rserve/dist/JRclient-RE817.jar et mettre ce jar dans le classpath sous windows: java -cp JRclient-RE817.jar;ifremer-simulation-all.jar fr.ifremer.IfremerSimulation sous linux java -cp JRclient-RE817.jar:ifremer-simulation-all.jar fr.ifremer.IfremerSimulation bien sur il faut peut-etre mettre le path pour atteindre les fichiers jar Voici un exemple en ecmascript. L'objet R peut-etre reutiliser plusieurs fois, et il conserve normalement son etat entre les appels. var R = new Packages.org.rosuda.JRclient.Rconnection(); var result = R.eval("R.version.string"); writeln("result: "+result); et le resultat obtenu: result: [STRING "R version 2.1.0, 2005-04-18"] -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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Suivi des problemes de traductions
by Benjamin POUSSIN 02 Dec '05

02 Dec '05

Salut, J'ai creer un traceur sur le site web isisfish pour permettre de suivre les problemes de traduction (ca pourrait permettre a des personnes n'ayant pas acces au fichier excel de participer tout de meme a l'amelioration :). http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?atid=438&group_id=8&func=browse Pour l'instant j'ai creer 2 categories: Français English Pour les problemes de traduction dans une des deux langues, il faudra plus tard ajouter les autres langues supportées. J'ai cree 2 groupes: ver-2-0 ver-3-0 Suivant si le probleme est dans la version 2 ou 3 d'isis. Voila, vous n'etes pas obligé de l'utiliser, je me suis juste dis que peut-etre ce serait plus simple qu'un fichier excel. Mais bon les gouts et les couleurs :) -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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fonction calculmois
by Hilaire DROUINEAU 02 Dec '05

02 Dec '05

Re Salut Benjamin Voici le fichier qu'on regardait tout à l'heure A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr ***************************************************************** // remplace: matriceCatchRatePerStrategyMet, // Abondances, // Biomasse, // matriceCatchRatePerStrategyMet, // matriceCatchPerStrategyMet, // matriceCatchWeightPerStrategyMet //corps de Calcul Mois //j'appelle AbondanceBis la matrices des abondances après recrutement, repro, migration changement de classe //Abondandance, la matrice à la fin du pas de temps //je code en ecmascript var iAbbis=Abondancesbis.iterateur(); //les matrice AbondancesBis, Abondance et Biomasses sont "rangées" pareil //on peut donc utiliser des itérateurs en "parrallèle (qui bougent en même temps iAbbis.next(); var iBiomasse=Biomasse.iterateur(); iBiomasse.next(); for (var iAb=Abondances.iterateur();iAb.next();){ var coordonnes=iAb.getSemanticsCoordinates(); var classe=coordonnes[0]; //a verfier var zone=coordonnes[1]; //a verfier //Calcul des FisgingMortality et TotalFishingMortality var TF=0; for (var istr=SiMatrice.getListeStrategies().iterator();istr.hasNext();){ var str=istr.next(); var ListeMetiers=str.getSetOfVessels().getMetiers(); //eventuellement si loopoverallmetie=true, faire ListeMetiers=SiMatrice.getListeMetiers() for (var imetier=ListeMetiers.iterator();imetier.hasNext();){ var metier=imetier.next(); var f=FishingMortality(date, str, metier, classe, zone); //Pas de changement matriceCatchRatePerStrategyMet.setValue(str, metier, classe, zone,f); TF+=f; } } //calcul de TotalCatchRate et SurvivalCatchRate var TotalCatchRate=(1-exp(-TF-classe.getMortaliteNaturelle()/12.0))*TF/(TF+classe.getMortaliteNaturelle()/12.0); var SurvivalRate=exp(-TF-classe.getMortaliteNaturelle()/12.0); //Calcul des abondances et biomasse à t+1 var n=SurvivalRate*iAbbis.getValue(); iAb.setValue(n); iBiomasse.setValue(n*classe.getPoidsMoyen()); //Calcul des CatchRatePerStrategyMet et CatchPerStrategyMet for (var istr=SiMatrice.getListeStrategies().iterator();istr.hasNext();){ var str=istr.next(); var ListeMetiers=str.getSetOfVessels().getMetiers(); //éventuellement si loopoverallmetie=true, faire ListeMetiers=SiMatrice.getListeMetiers() for (var imetier=ListeMetiers.iterator();imetier.hasNext();){ var metier=imetier.next(); var cr=matriceCatchRatePerStrategyMet.getValue(str,metier,classe,zone)/TF*TotalCatchRate;//dans matriceCatchRatePerStrategyMet on a déjà les fishingMortality matriceCatchRatePerStrategyMet.setValue(str,metier,classe,zone,cr); matriceCatchPerStrategyMet.setValue(str,metier,classe,zone, cr*iAbbis.getValue()); matriceCatchWeightPerStrategyMet.setValue(str,metier,classe,zone, cr*iAbbis.getValue()*classe.getPoidsMoyen()); } } iAbbis.next(); iBiomasse.next(); }

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simu tectac+ question à Benjamin
by Hilaire DROUINEAU 29 Nov '05

29 Nov '05

Salut, j'ai fait tourner une simu tectac sur 10 ans avec gravite. Elle a duré 3h30 mais je bossais (si si) en même temps donc c'est pas trop fiable. Pour info en fin de simu le cache faisait 157802 objets et le simulateur utilisait 420Mo de RAM. Je colle les exports pour Stéphanie sur la zone simulateur 3 choses: *j'ai pas débuggé la règle, je suis notament pas trop sur de l'utilisation de la méthode getSubMatrix. Benjamin: cette méthode fait bien une copie de la matrice? *J'avais fait la même simu avec un plus petit cache 100 000 et elle a planté à l'avant dernier pas ed temps (c'est balot), il y avait un null pointer exeption lors de l'appel d'une méthode qui supprime un objet du cache (removeleastvaluable je crois). C'est un message que j'avais déjà eu et que j'associai à un manque de ram mais là il en reste beaucoup et ça peut donc pas être ça. Benjamin: T'as une idée de ce que ça peut être? Si ça se reproduit je t'envoie les logs *pour ceux qui voudraient lancer une simu tectac: un cache de 160000 objets est donc suffisant, pas besoin de mettre plus, mais éviter de mettre moins pour éviter les erreurs comme j'ai eu dans mon point 2 (de toute façon y a plus de problème d'utilisation de la ram alors...) Voilà, à + Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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fichier erreur pour Benjamin
by Hilaire DROUINEAU 28 Nov '05

28 Nov '05

Benjamin, voici les logs correspondant à l'erreur dont je te parlai dans le mail précédent A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr ***************************************************************** newpropdiv: 0.04241826527469303 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier lang simp Norddate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 4100.86279296875 newpropdiv: 0.01640951977922395 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 10367.349609375 newpropdiv: 0.04640505902228087 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier lang simp Suddate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 640.8651123046875 newpropdiv: 0.017676287361635 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 1620.16455078125 newpropdiv: 0.04241826527469303 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier lang simpledate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2266.081298828125 newpropdiv: 0.020234504267246604 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2311.38671875 newpropdiv: 0.018810873906756186 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2708.67626953125 newpropdiv: 0.059335054312108525 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2762.829345703125 newpropdiv: 0.05827973338648251 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier merlu-seiche jumdate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2266.081298828125 newpropdiv: 0.020234504267246604 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2311.38671875 newpropdiv: 0.018810873906756186 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2708.67626953125 newpropdiv: 0.059335054312108525 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2762.829345703125 newpropdiv: 0.05827973338648251 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier merlu-seiche jum Norddate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 4100.86279296875 newpropdiv: 0.01640951977922395 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 10367.349609375 newpropdiv: 0.04640505902228087 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier merlu-seiche jum Suddate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 640.8651123046875 newpropdiv: 0.017676287361635 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 1620.16455078125 newpropdiv: 0.04241826527469303 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier merlu-seiche simpdate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2266.081298828125 newpropdiv: 0.020234504267246604 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2311.38671875 newpropdiv: 0.018810873906756186 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2708.67626953125 newpropdiv: 0.059335054312108525 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 2762.829345703125 newpropdiv: 0.05827973338648251 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier merlu-seiche simp Norddate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 4100.86279296875 newpropdiv: 0.01640951977922395 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 10367.349609375 newpropdiv: 0.04640505902228087 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:metier merlu-seiche simp Suddate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 640.8651123046875 newpropdiv: 0.017676287361635 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a une LPUE dans le passé: 1620.16455078125 newpropdiv: 0.04241826527469303 fin Gravite LPUEAction avant Gravite Action avant metier:nonActivitedate:117 ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale ou calcul déjà fait ou pas de LPUE à l'année n-1 on a pas de LPUE dans le passé, on remet donc la poportion initiale fin Gravite LPUEAction avant CALCULMOIS pop= nephrops 28 nov. 2005 14:22:14 fr.ifremer.simulation.Simulateur2 calculMois INFO: *=============== Mois de octobre annee:9 =============* 28 nov. 2005 14:22:14 fr.ifremer.simulation.Simulateur2 calculMois INFO: UsedMem: 808081 28 nov. 2005 14:22:14 fr.ifremer.simulation.Simulateur2 calculMois INFO: cache size: 100000 cached: 7039 calculated: 215411 28 nov. 2005 14:22:14 fr.ifremer.simulation.Simulateur2 calculMois INFO: CallAnalyse: [catchRatePerStrategyMet calls=166320 time=34,733m(160076ns/12,53ms/6,986s) memory=-2,477Mo(-79,72Mo/-15o/62,744Mo), catchRatePerStrategyMet-nooptimization calls=166320 time=34,747m(163428ns/12,535ms/6,986s) memory=-2,473Mo(-79,72Mo/-15o/62,744Mo), distance calls=132 time=53,11ms(5029ns/402351ns/7,958ms) memory=3,188Mo(0o/24,731Ko/1,615Mo), distance-optimization calls=362 time=62,158ms(7822ns/171708ns/7,992ms) memory=3,188Mo(0o/9,018Ko/1,615Mo), effortPerStrategyMet calls=8772 time=51,867s(1,466ms/5,913ms/265,878ms) memory=-102,903Mo(-80,381Mo/-12,012Ko/1,619Mo), effortPerStrategyMet-optimization calls=26954 time=3,909m(1,198ms/8,702ms/306,659ms) memory=520,326Mo(-80,385Mo/19,767Ko/1,698Mo), effortPerStrategyPerCell calls=13204 time=2,04m(3,393ms/9,27ms/280,314ms) memory=937,183Mo(-79,781Mo/72,681Ko/1,619Mo), effortPerStrategyPerCell-optimization calls=171600 time=17,38m(460673ns/6,077ms/316,585ms) memory=2,034Go(-79,781Mo/12,429Ko/2,126Mo), effortPerStrategyPerVessel calls=1320 time=5,581s(1,644ms/4,228ms/133,933ms) memory=-147,681Mo(-79,835Mo/-114,564Ko/1,619Mo), 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memory=78,635Mo(-76,405Mo/344,112Ko/45,563Mo), matriceCatchWeightPerStrategyMet-nooptimization calls=234 time=22,738s(41,804ms/97,171ms/353,552ms) memory=78,635Mo(-76,405Mo/344,112Ko/45,563Mo), matriceEffortPerStrategyMet calls=125 time=2,365m(151,255ms/1,135s/1,921s) memory=299,989Mo(-70,097Mo/2,4Mo/18,882Mo), matriceEffortPerStrategyMet-optimization calls=234 time=2,373m(1,08ms/608,417ms/1,923s) memory=337,094Mo(-70,097Mo/1,441Mo/19,152Mo), matriceEffortPerZonePop calls=120 time=1,784h(1,49s/53,527s/1,542m) memory=92,845Mo(-39,858Mo/792,275Ko/66,935Mo), matriceEffortPerZonePop-optimization calls=234 time=1,785h(10,278ms/27,466s/1,542m) memory=-83,081Mo(-79,955Mo/-363,566Ko/70,195Mo), matriceStdTravelEffortPerStrategyMet calls=125 time=2,392m(430,073ms/1,148s/1,872s) memory=106,641Mo(-64,856Mo/873,602Ko/34,569Mo), matriceStdTravelEffortPerStrategyMet-optimization calls=234 time=2,401m(1,04ms/615,624ms/1,875s) memory=53,876Mo(-64,856Mo/235,763Ko/34,951Mo), nbMailleInter calls=195 time=381,111ms(1,114ms/1,954ms/26,067ms) memory=-56,05Mo(-79,153Mo/-294,336Ko/1,696Mo), nbMailleInter-optimization calls=171600 time=4,087s(12013ns/23818ns/26,156ms) memory=1,609Mo(-79,153Mo/9o/1,696Mo), stdEffortPerHour calls=45 time=15,561ms(333283ns/345804ns/396978ns) memory=0o(0o/0o/0o), stdEffortPerHour-optimization calls=2640 time=1,399s(355352ns/529941ns/73,52ms) memory=-165,118Mo(-79,091Mo/-64,045Ko/1,686Mo), stdTravelEffortPerStrategyMet calls=8278 time=42,545s(1,484ms/5,14ms/226,178ms) memory=207,131Mo(-79,719Mo/25,622Ko/2Mo), stdTravelEffortPerStrategyMet-optimization calls=13750 time=2,336m(1,545ms/10,194ms/262,348ms) memory=83,584Mo(-80,691Mo/6,225Ko/2Mo), stdTravelEffortPerStrategyPerVessel calls=1320 time=1,65s(1,142ms/1,25ms/16,304ms) memory=48,285Mo(-79,655Mo/37,457Ko/1,698Mo), stdTravelEffortPerStrategyPerVessel-optimization calls=8278 time=35,615s(801778ns/4,302ms/225,399ms) memory=-70,264Mo(-79,678Mo/-8,691Ko/2Mo), survivalRate calls=14742 time=47,439s(164546ns/3,218ms/254,668ms) memory=52,814Mo(0o/3,668Ko/1,693Mo), survivalRate-nooptimization calls=14742 time=47,579s(169016ns/3,227ms/254,679ms) memory=52,814Mo(0o/3,668Ko/1,693Mo), totalCatchRate calls=151800 time=1,327m(172089ns/524678ns/1,506s) memory=5,517Mo(-79,394Mo/38o/1,698Mo), totalCatchRate-nooptimization calls=151800 time=1,343m(176559ns/530751ns/1,506s) memory=5,517Mo(-79,394Mo/38o/1,698Mo), totalFishingMortality calls=1512 time=17,788m(386,751ms/705,876ms/6,98s) memory=375,688Mo(-41,655Mo/254,434Ko/62,744Mo), totalFishingMortality-optimization calls=332862 time=20,812m(155606ns/3,751ms/6,981s) memory=760,416Mo(-79,394Mo/2,339Ko/62,744Mo), travelTimePerTrip calls=29 time=56,4ms(42743ns/1,945ms/8,028ms) memory=3,188Mo(0o/112,573Ko/1,615Mo), travelTimePerTrip-optimization calls=2208 time=190,886ms(30451ns/86452ns/8,834ms) memory=9,248Mo(0o/4,288Ko/1,615Mo)] 28 nov. 2005 14:22:14 org.codelutin.ecmascript.Global call GRAVE: Erreur lors de l'appelle de la methode: Simul.simul 28 nov. 2005 14:22:14 fr.ifremer.SimulationThread run ATTENTION: La simulation a échoué fr.ifremer.simulator.SimulationException: Erreur durant la creation de la simualtion resultat. at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:322) at fr.ifremer.SimulationThread.runLocalSimulation(SimulationThread.java:303) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulation(SimulationThread.java:392) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulationAndExport(SimulationThread.java:424) at fr.ifremer.SimulationThread.run(SimulationThread.java:273) Caused by: org.codelutin.ecmascript.ECMAScriptException: Erreur lors de l'appelle de la methode: Simul.simul at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:189) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:363) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:236) ... 4 more Caused by: FESI.Exceptions.EcmaScriptException: Runtime error Error in java method calculMois Caused by exception: null java.lang.NullPointerException at org.shiftone.cache.policy.lru.LruCache.removeLeastValuableNode(LruCache.java:76) at org.shiftone.cache.util.AbstractPolicyCache.shrinkToSize(AbstractPolicyCache.java:136) at org.shiftone.cache.util.AbstractPolicyCache.addObject(AbstractPolicyCache.java:54) at org.shiftone.cache.decorator.sync.SyncCache.addObject(SyncCache.java:40) at org.shiftone.cache.decorator.tandem.TandemCache.addObject(TandemCache.java:32) at org.shiftone.cache.adaptor.CacheMap.put(CacheMap.java:79) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation.matriceCatchRatePerStrategyMet(SiMatrice2Optimisation.java:2067) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2.matriceCatchPerStrategyMet(SiMatrice2.java:1104) at fr.ifremer.simulation.SiMatrice2Optimisation.matriceCatchPerStrategyMet(SiMatrice2Optimisation.java:2167) at fr.ifremer.simulation.Simulateur2.calculMois(Simulateur2.java:235) at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor77.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at FESI.Data.ESWrapper.doIndirectCall(ESWrapper.java:908) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:467) at FESI.AST.ASTForVarStatement.jjtAccept(ASTForVarStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:387) at FESI.AST.ASTWhileStatement.jjtAccept(ASTWhileStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:518) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:515) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:179) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:363) at fr.ifremer.simulator.Simulator.simulate(Simulator.java:236) at fr.ifremer.SimulationThread.runLocalSimulation(SimulationThread.java:303) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulation(SimulationThread.java:392) at fr.ifremer.SimulationThread.runSimulationAndExport(SimulationThread.java:424) at fr.ifremer.SimulationThread.run(SimulationThread.java:273) detected at line 122 of function 'SimulateurES_simuler' in string starting with: 'function SimulateurES(){}'... called at line 24 of function 'Simul_simul' in string starting with: 'function Simul(){}'... at FESI.Data.ESWrapper.doIndirectCall(ESWrapper.java:910) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:467) at FESI.AST.ASTForVarStatement.jjtAccept(ASTForVarStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:387) at FESI.AST.ASTWhileStatement.jjtAccept(ASTWhileStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:518) at FESI.Data.ESObject.doIndirectCall(ESObject.java:515) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:758) at FESI.AST.ASTCompositeReference.jjtAccept(ASTCompositeReference.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:326) at FESI.AST.ASTStatement.jjtAccept(ASTStatement.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.visit(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:307) at FESI.AST.ASTStatementList.jjtAccept(ASTStatementList.java:26) at FESI.Interpreter.EcmaScriptEvaluateVisitor.evaluateFunction(EcmaScriptEvaluateVisitor.java:155) at FESI.Interpreter.Evaluator.evaluateFunction(Evaluator.java:766) at FESI.Data.ConstructedFunctionObject.callFunction(ConstructedFunctionObject.java:122) at org.codelutin.ecmascript.Global.call(Global.java:179) ... 6 more fin de simulation Mon Nov 28 14:22:18 CET 2005: (Memoire libre/Memoire Total = 636738368/1366327296) CallAnalyse: [catchRatePerStrategyMet calls=166320 time=34,733m(160076ns/12,53ms/6,986s) memory=-2,477Mo(-79,72Mo/-15o/62,744Mo), catchRatePerStrategyMet-nooptimization calls=166320 time=34,747m(163428ns/12,535ms/6,986s) memory=-2,473Mo(-79,72Mo/-15o/62,744Mo), distance calls=132 time=53,11ms(5029ns/402351ns/7,958ms) memory=3,188Mo(0o/24,731Ko/1,615Mo), distance-optimization calls=362 time=62,158ms(7822ns/171708ns/7,992ms) memory=3,188Mo(0o/9,018Ko/1,615Mo), effortPerStrategyMet calls=8772 time=51,867s(1,466ms/5,913ms/265,878ms) memory=-102,903Mo(-80,381Mo/-12,012Ko/1,619Mo), effortPerStrategyMet-optimization calls=26954 time=3,909m(1,198ms/8,702ms/306,659ms) memory=520,326Mo(-80,385Mo/19,767Ko/1,698Mo), effortPerStrategyPerCell calls=13204 time=2,04m(3,393ms/9,27ms/280,314ms) memory=937,183Mo(-79,781Mo/72,681Ko/1,619Mo), effortPerStrategyPerCell-optimization calls=171600 time=17,38m(460673ns/6,077ms/316,585ms) memory=2,034Go(-79,781Mo/12,429Ko/2,126Mo), effortPerStrategyPerVessel calls=1320 time=5,581s(1,644ms/4,228ms/133,933ms) memory=-147,681Mo(-79,835Mo/-114,564Ko/1,619Mo), effortPerStrategyPerVessel-optimization calls=8772 time=43,934s(782781ns/5,008ms/245,682ms) memory=-85,793Mo(-79,956Mo/-10,015Ko/1,619Mo), effortPerZonePop calls=171600 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memory=52,814Mo(0o/3,668Ko/1,693Mo), totalCatchRate calls=151800 time=1,327m(172089ns/524678ns/1,506s) memory=5,517Mo(-79,394Mo/38o/1,698Mo), totalCatchRate-nooptimization calls=151800 time=1,343m(176559ns/530751ns/1,506s) memory=5,517Mo(-79,394Mo/38o/1,698Mo), totalFishingMortality calls=1512 time=17,788m(386,751ms/705,876ms/6,98s) memory=375,688Mo(-41,655Mo/254,434Ko/62,744Mo), totalFishingMortality-optimization calls=332862 time=20,812m(155606ns/3,751ms/6,981s) memory=760,416Mo(-79,394Mo/2,339Ko/62,744Mo), travelTimePerTrip calls=29 time=56,4ms(42743ns/1,945ms/8,028ms) memory=3,188Mo(0o/112,573Ko/1,615Mo), travelTimePerTrip-optimization calls=2208 time=190,886ms(30451ns/86452ns/8,834ms) memory=9,248Mo(0o/4,288Ko/1,615Mo)]

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deux
by Dominique PELLETIER 28 Nov '05

28 Nov '05

Bonjour Benjamin, 1. Nous avons demandé à installer ISIS sur le super-calculateur de Ifremer à Brest. Ce qui résoudrait nos problèmes de performance dans le court terme et à usage interne Ifremer. Voir la réponse ci-dessous dans le mail transfere. Peut-on trouver une version de Java qu'on puisse installer sur le super-calculateur ? C'est étonnant qu'il n'y ait pas une version qui convienne à cette machine. 2. Nous souhaitons faire le point ensemble rapidement sur un ordre du jour qui comprend : a) les pbs de performance; b) implantation sur super-calculateur; c) editeur de langues; d) facturation du contrat en cours; e) point sur version 3 (quand et ce qu'on peut en attendre / v2) Comte tenu de nos disponiblités à tous et ce que nous savons de la tienne, nous proposons de nous voir à Ifremer le jeudi 2 décembre à 9h, pour la matinée au max. Merci de ta réponse A plus Dominique -------- Message d'origine -------- Sujet: isis sur le super-calculateur (ça s'appelle comme ça) de brest Date: Tue, 22 Nov 2005 11:09:03 +0100 De: Olivier BERTHELE <Olivier.Berthele(a)ifremer.fr> Répondre-A: Olivier.Berthele(a)ifremer.fr Société: IFREMER A: hdrouine <hdrouine(a)ifremer.fr>, dpellet <dpellet(a)ifremer.fr>, smahevas <smahevas(a)ifremer.fr>, fbastard(a)ifremer.fr, yvermard <yvermard(a)ifremer.fr> Coucou, Je viens d'avoir des nouvelles de brest concernant la possibilité (ou plutôt l'impossibilité dans ce cas) de faire tourner isis sur nymphea. En fait, la version 1.5 de java n'existe pas pour cette machine. Ils ont développé des versions jusqu'à la 1.4.2-3. Ci-joint, le mail de brest... Peut-être qu'il faudrait voir du côté d'isis, si c'étiat possible de le faire tourner avec la 1.4 (quitte à modifier le code peut-être). ---Message original-------------- Bonjour, en effet c'est possible d'avoir 2 versions de java mais malheureusement, la version 1.5 n'existe pas pour Tru64-unix(le systeme de nymphea) en ce moment, sur nymphea se trouve la derniere version supportée: 1.4.2-3 et il semble que HP ne developpe plus pour Tru64, mais simplement pour ses systemes HP-UX Bernard > Sujet: > java 1.5 sur nymphea > De: > Olivier BERTHELE <Olivier.Berthele(a)ifremer.fr> > Date: > Tue, 22 Nov 2005 10:46:57 +0100 > A: > ass <assistance(a)ifremer.fr>, hdrouine <hdrouine(a)ifremer.fr> > Voilà, des utilisateurs souhaiteraient faire tourner un logiciel ( > isis-fish, un simulateur ) qui a été développé en java. > Il est très gourmand en ressource (temps CPU + mémoire). Pour qu'il > marche, il faut au moins la version java 1.5 > A priori, la version installée sur nymphea est 1.4 > Je crois que RIC n'était pas chaud pour installer la 1.5 au cas où ça > change des choses pour ceux qui ont des prog qui fonctionnent déjà avec > cette version. > Est-ce que tu peux m'en dire plus ? > Serait-il possible d'avoir les 2 versions, et que les utilisateurs > choississent, dans le PATH, quelle version ils souhaitent utiliser ? > > Merci > > Olviier > -- Bernard PREVOSTO - DOP/DCB/IDM/RIC IFREMER Centre de Brest Tel: 02 98 22 45 43 - Fax: 02 98 22 45 46 Email: Bernard.Prevosto(a)ifremer.fr -- Dominique Pelletier Laboratoire MAERHA IFREMER BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 FRANCE E-mail: dpellet(a)ifremer.fr Tel: 33 2 40374164 Fax: 33 2 40374075 http://www.ifremer.fr/maerha/

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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.23
by Benjamin POUSSIN 28 Nov '05

28 Nov '05

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * ajout de mots a traduire (arbre de saisie) * modification de la boucle matriceCatchRatePerStrategyMet pour ne faire que les metiers de la strategie -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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bug
by Hilaire DROUINEAU 25 Nov '05

25 Nov '05

Salut, Comme j'ai perdu mon login et mon mot de passe pour déposer des bugs (et pourtant je l'ai créé avant hier...), je me permets de le déposer ici Quand on veut mettre plusieurs fois la même règle de gestion au cours d'une même simu (par exemple changementparamcontrolable): si on en modifie le paramétrage de l'une; ça change celui de l'autre et également les valeurs par défaut de l'interface règle de gestion (dans mon exemple on peut donc pas avoir une règle pour le chalut simple et une seconde règle pour le chalut jumeau) Une solution temporaire peut consister à enregistrer la règle sous un nom différent mas c'est pas très pratique malgré tout Voilà, à + Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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Editeur de fichier de langue
by Benjamin POUSSIN 23 Nov '05

23 Nov '05

Salut, Youen tu peux telecharger l'editeur avec le lien suivant. http://labs.libre-entreprise.org/download.php/422/lutini18neditor-0.1.zip il faut le dezipper avant de l'utiliser. tu sauves aussi les fichiers joints dans un meme repertoire. Lorsque tu lances l'editeur (sous linux fichier: go.sh; sous windows: double clique sur l'application) Il faut ouvrir un fichier (il faut selectionner language.properties ensuite tu peux editeur en_EN par exemple. Les zone jaune, sont non traduite, les rouges n'existe plus dans le programme mais elle sont la pour ne pas les perdre, et les blanches sont normalement a jour. Lorsque tu as fini d'editer un fichier de langue et que tu la sauvés, il faut lancer isis differement pour qu'il prenne en compte ces fichiers. au lieu de java -jar ifremer-simultation-all.jar il faut utiliser sous linux java -cp repertoire/des/fichiers/language:ifremer-simultation-all.jar fr.ifremer.IfremerSimulation et sous windows java -cp repertoire/des/fichiers/language;ifremer-simultation-all.jar fr.ifremer.IfremerSimulation les fichiers de langue ne sont pas correct, je t'envoie demain apres midi, les fichiers de langue correct (il y a des erreurs avec les accents :( Donc tu peux commencer a utiliser le traducteur pour voir comment il fonctionne, mais ne traduit pas tout :). -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.0.21
by Benjamin POUSSIN 18 Nov '05

18 Nov '05

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * suppression de l'optimisation pour certain calcul, il ne faisait pas gagner de temps et il consommait de la mémoire pour rien. * La fenêtre de log n'affiche plus que les 100 premières lignes de log et les 200 dernières, cela évite de manger beaucoup de mémoire pour les logs (la consomation semble etre stable dans les 200 à 400Mo, pour 2popx6strx8met) Quelques chiffres pour vasiere2 (2popx6strx8met) la premiere année est plus longue que les autres forcement: 2 min par mois pour la premiere année 2 sec par mois pour les années suivantes ca me parrait trop beau pour etre vrai, si vous pouviez verifier que tout fonctionne bien, a vu d'oeil de benjamin les resultats ne semblent pas farfelu (pas nul, et pas constant). Donc avec la jolie astuce d'hilaire pour les regles de gestions, je pense que les temps de réponses devrait être convenable. bonne journée -- Benjamin -------------------- email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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